Для того чтобы подписать программу нам потребуется:
1. Личный сертификат (как получить - читаем тут)
2. Программа для подписывания SIGNTools (брать здесь)
3. Программа которую надо подписать.

Ваши действия:
1. Получайте сертификат (это два файла *.key *.cer)
2. Скачайте и запустите программу
3. В поле "SIS файлы" добавьте программы которые нужно подписать.
4. В поле "Ключи и сертификаты" введите добавьте полученные вами сертификат и ключ
5. В поле "Пароль" введите название файла ключа
6. Выберите папку куда сохранить подписанные программы
7. Жмите подписать.